A Fundhas tem três programas específicos para atender as crianças e adolescentes: o Programa Criança, o Arte-Educação e o Programa Aprendiz. Conta ainda com o Programa Maioridade, que acompanha os adolescentes egressos da Instituição e o Programa Aquarela, desenvolvido em parcerias com secretarias e órgãos públicos, que presta atendimento a crianças e adolescentes vítimas de abandono, violência física, sexual e negligência.